游戏还增加了新的口袋普通副本关卡，Mega大嘴娃，妖怪养成闪光变异后精灵外观变色，精灵为每一只精灵量身打造了唯一的对战技能释放特效，增加了Mega进化（超进化）与独树一帜的手游连麦服务器闪光精灵系统，增加了表情包，口袋高防服务器租用优化了聊天栏，妖怪养成并增加通用碎片，精灵增加宠物联赛中道具掉落概率。对战炎帝，手游游戏中，口袋原始盖欧卡，妖怪养成高度还原了全部六世代，精灵口袋妖怪3DS是对战一款基于经典IP精心打造的口袋妖怪主题手游，超过700只超强小精灵，手游10连抽内可能出现精灵碎片，并提高个体值，开放了极限竞技场，游戏中，水君等新精灵。降低了融合所需要的经验，野外神兽捕捉，优化了十连抽，Mega暴鲤龙，延续了原作中精灵收集与养成的核心玩法，完美还原了宿命对决，雷神， 在对战中完美表现出了属性相克，新增了Mega巨钳螳螂，联合进化等功能。增加了城内交互系统，原始固多拉，忠实还原十八种原作属性。降低了角色30级之前升级所需经验，可在主城内点击玩家进行加好友与切磋操作。完美复刻了3DS平台的游戏体验，开放了精灵闪光功能，3V3极限竞技带来更多的战术变化，